ZONE OF THE ENDERS Z．O．E

エンディングのリザルト画面で、上、上、下、下、左、右、左、右、R3、L3、LRボタンのどれかを押すと、通常は高ランクでないと出現しない声優フリートークを聴くことができる。出現する声優は、コマンド最後のLRボタンの種類に応じて以下のように変化する。・L1…セルヴィス（堀江由衣）。・L2…ヴァイオラ（手塚ちはる）。・R1…エイダ（芳野美樹）。・R2…レオ（下和田裕貴）。

タイトル画面で、○、×、右、左、右、左、下、下、上、上、と入力すると、通常は本編をクリアしないと出現しない対戦モードがいきなり遊べるうえ、全機体が使用可能になっている。

本編最後のイベント終了時に、L1＋R1、もしくはL2＋R2を押し続けると、本作は奇数周目と偶数周目でエンディングのBGMが異なるが、L1＋R1を押していれば奇数周の、L2＋R2なら偶数周の曲になる。

本編プレイ中に、L1、L1、L2、L2、L1、R1、L1、R1、R2、R1と入力すると、体力と残弾数が最大まで回復する。ただし、1回使うごとにレベルが1つ下がってしまう。

本作（通常版）に同梱されている『メタルギア ソリッド2』体験版で、以下の行動をおこなうとさまざまな隠し演出が見られる。・タイトル画面で右スティックを動かす…カメラが動く。・オープニングデモで○を押す…スタッフクレジットを英語／日本語に切り替えられる。・無線画面で左右スティックを動かす…カメラを動かせる。LRでズームも可能。・ロッカールームのグラビアポスターの胸のあたりをノックする…ボヨンボヨンと音がする。・グラビアポスターの下半身をノックする…危険モードになる。・グラビアポスターのロッカーに入ってL1を押す…ポスターにキスする音がする。・グラビアポスターの扉を壊して床に倒し、その上でほふく前進…カメラがズームアップする。・オルガ戦でホロの紐を撃つ…ホロが飛んでいく。・敵兵の頭上に出る「！」マークを撃つ…破壊可能。