機甲兵団 J-PHOENIX

ストーリーのイージーもしくはノーマルモードをすべてクリアすると、より難易度の高いマスターモードがプレイできる。このモードを全ステージクリアすると、レッグフレーム「ウォーク」が手に入る。

以下のような、特定の武装をおこなうと、能力値にボーナスが加算される。ボーナスの加算される武装形態名とその装備内容は以下の通り。・「二刀流」…カタナ系武器を両手に装備。・「くのいち」…外装パーツをすべて女性型PFにし、片手にカタナ系武器を装備（もう片方は空き）。・「左腕の剣豪」…左手にカタナ系武器装備（右手は空き）。・「野生の電撃」…両手にP・クロウ装備。・「重破壊型」…3つ以上の兵器を装備、かつ両手に属性関係なく打撃系武器。両手武器の総重量2000以上。・「重火器重装」…3つ以上の兵器を装備、かつ両手に属性関係なく射撃系武器。両手武器の総重量2000以上。・「完全捕捉」…両手両肩すべての兵器がロックオンを必要とするもの。

「おまけミッション」をクリアすると、ステージと難易度を自由に選択できるようになる（スペシャルモードも可能）。方向ボタンの左右でステージ、L2・R2で難易度を変更できる。

『機甲兵団 J-PHOENIX「序章編」』のクリアデータをロードしてゲームを始める。このデータでストーリーモードのイージーもしくはノーマルモードをクリアすると、通常とは出現する敵などが異なるスペシャルモードがプレイ可能になる。スペシャルモードは各ステージをクリアするごとに、特殊パーツが手に入る。

ストーリーモード全20話をクリアすると、おまけミッション「凸凹コンビの初作戦！」がプレイできる。難易度は非常に高いが、クリアすると兵器「ミチザネ」が手に入る。

『機甲兵団 J-PHOENIX「序章編」』のクリアデータをロードしてゲームを始めると、アルサレアGSのフレームすべてと、手持ち武器の斬馬刀、フォースソードが使用可能になる。

以下の条件をクリアすると、隠しPFが手に入る。各条件と入手できるPFは以下の通り。・ストーリーモード20話をクリア…アポロン。・ストーリーモード20話をクリアしたデータを使って、新・百機斬りモードで50機撃墜…ありす。・ありすを入手したデータを使って、新・百機斬りモードで100機撃墜…ポリターン3。