機動戦士ガンダムSEED 連合VS.Z.A.F.T. PORTABLE

「エクステンデッド」テストBをレベル2以上でクリアすると、以下のようなザフトの隠しミッションが出現する。・「次世代MS「X56S/Γ」テスト」。・「次世代MS「X56S/α」テスト」。・「次世代MS「X56S/β」テスト」。・「次世代MS「X23S」テスト」。

特定の条件を満たすと、隠しミッションが出現する。それぞれのミッションと条件は以下の通り。・ミッション084…ミッション089を水中型MSでクリア。・ミッション020…ミッション019を空戦型MSでクリア。・ミッション036…ミッション041で、フォビドゥンガンダムを撃破してクリア。・ミッション042…ミッション041で、ターゲットを撃破してクリア。・ミッション047…ミッション046で、レイダーガンダム、カラミティガンダムを撃破してクリア。・ミッション078…ミッション073で、カラミティガンダム、レイダーガンダム、フォビドゥンガンダムの3機を撃墜してクリア。・ミッション084…ミッション089を水中型MSでクリア。・ミッション086…ミッション081で、ラゴォ、バクゥ、ガイアガンダムのいずれかに搭乗してクリア。・ミッション104…ミッション109をパグゥなどの四脚型MSでクリア。・ミッション146、150…ミッション041で、ターゲットを撃破してクリア。ミッション147、148、149をレベル2以上でクリア。・ミッション141、142、144、145…ミッション143をレベル2以上でクリア。

僚機とともに敵機を一定数撃破すると、以下のようなミッションをプレイできる。・「エクステンデッド」テストA…フォビドゥンガンダムを僚機に12機撃破させる。・「エクステンデッド」テストB…レイダーガンダムを僚機に20機撃破させる。・「エクステンデッド」テストC…カラミティガンダムを僚機に15機撃破させる。

連合かザフトルートのどちらか1つをクリアしてから「ニューゲーム」を選択すると、ゲームレベルが選択できる。以降、ルートクリアするごとに難易度設定の最大値が+1されていく（最高99）。

特定のステージをクリアすると、次のプレイから追加された機体が選択可能になる。連合とザフトルートでステージや入手機体は異なる。ステージと入手機体は以下の通り。・連合「ストライクダガー」…連合ルートのステージ00Bをクリアする。・連合「メビウス・ゼロ」…連合ルートステージ10をクリアする。・ザフト「ジン（マシンガン）」…ザフトルートステージ11を時間切れでクリアする。・ザフト「ジン（バズーカ）」…敵機12機撃破してクリアする。

特定のステージで条件を満たすと、以下のような隠し要素が出現する。・ザフト／ステージ011…時間切れでクリアするとマシンガン装備のジンを、12機撃破でクリアするとバズーカ装備のジンが入手できる。・ザフト／ステージ019…空中戦用MSでクリアすると、ステージ020「友軍グゥル部隊護衛」が出現する。

連合とザフト両方のルートを1回ずつプレイし、「フリーミッション」を選択すると、フリーミッションでプレイしたルートのステージが追加される。

以下の条件を満たすと、条件に合わせたルートに進む。・連合／ステージ043…敵軍戦力ゲージを0にすると、アークエンジェルルートに進む。・連合／ステージ043…時間切れで勝利すると、連合ルートに進む。・ザフト／ステージ053…敵軍戦力ゲージを0にすると、アークエンジェルルートに進む。・ザフト／ステージ053…時間切れで勝利すると、連合ルートに進む。

以下の条件を満たすと、隠しモードが出現する。・フリーミッション…連合サイドとザフトサイドで1回ずつプレイする。・エンドレス…連合サイドとザフトサイドでシナリオを少なくとも1つクリアする。